Dan Hrvatskog centra kompetencija za HPC

Tomáš Mrkvička, Ph.D.
University of South Bohemia

Computational Issues when Testing Using Functional Test Statistic: The R Package GET

Functional test statistics can be used when more detailed information about the problem is of interest. For example, when the interest is not only if the warming is statistically significant but also in what days of the year or in what regions the significant warming can be observed. Since the functional test statistic hardly follows the assumption of parametrical tests, nonparametric procedures based on permutations or simulations are often used. But these methods bring computational challenges for the high dimensional tests, as it is for brain imaging data or for genom-wide association studies. We will describe the methods available in the R package GET for nonparametrical testing with functional test statistics and discuss the computational challenges appearing there.

Prof. Tomáš Mrkvička studied Theory of Probability and Mathematical Statistics at Charles University, Prague. He has worked at the University of South Bohemia in České Budějovice, Czech Republic since 2002. From the beginning, his interest has been in spatial statistics and functional data analysis. He is especially interested in developing new statistical methodologies in those fields. Nowadays, his main research interest is in testing statistical hypotheses, especially with functional test statistics, and he has written several influential papers on this topic.

Prezentacija

Duboko učenje u matematici

Osvrnut ćemo se na nekoliko znanstvenih primjena dubokog učenja u više područja matematike. Takve primjene uglavnom zahtijevaju značajniju količinu GPU i CPU računanja. Mogućnost pristupa HPC infrastrukturi ubrzava i podiže kvalitetu takvog istraživanja.

Izv. prof. dr. sc. Domagoj Vlah izvanredni je profesor na Fakultetu elektrotehnike i računarstva Sveučilišta u Zagrebu. Ima značajno iskustvo s raznim inovativnim primjenama dubokog učenja u nekoliko različitih područja matematike i kemiji. Dodatno se dugi niz godina bavi znanstvenim programiranjem, primarno uz razvoj određenih numeričkih algoritama vezano za dinamičke sustave. U matematici su mu uža specijalnost dinamički sustavi, specifično fraktalna analiza dinamičkih sustava. Održao preko 20 raznih konferencijskih predavanja i seminara, objavio preko 15 znanstvenih radova i sudjelovao kao član na 10 znanstvenih projekata.

izv. prof. dr. sc. Domagoj Vlah
Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva 

dr. sc. Marinko Nujić
IB-Nujić d.o.o.

Prezentacija modela H_SIM-2D za proračun plitkih voda

U ovoj prezentaciji ukratko će biti predstavljen model H_SIM-2D, kao i njegova praktična primjena. Model je baziran na metodi konačnih volumena, s implicitnom shemom za vremensku domenu. Može se modelirati kako visoko nestacionarno tako i stacionarno strujanje. Model se odlikuje izuzetno visokom točnošću i stabilnošću, kako kod modeliranja podkritičnih tako i kod nadkritičnih strujanja. Danas se rade vrlo detaljni modeli poplavnih područja s mrežama koje sadrže i po nekoliko desetaka milijuna čvorova. Proračunsko vrijeme je zahvaljujući paralelizaciji ipak relativno kratko jer se izračun raspodjeljuje na sve dostupne centralne procesore (CPU). Paralelizacija je u biti podigla cjelokupno modeliranje poplavnih područja na jednu znatno višu razinu, bilo da se radi o operativnim ili o klasičnim modelima.

Dr. sc. Marinko Nujić, inženjer strojarstva, doktorirao je na temu numeričkog modeliranja plitkih voda. Kao znanstveni suradnik u Institutu za hidromehaniku Sveučilišta u Münchenu publicirao je nekoliko znanstvenih radova te sudjelovao na brojim međunarodnim konferencijama. Godine 1999. osniva vlastitu tvrtku za komercijalni razvoj programa vezanih za numeričko modeliranje strujanja u rijekama i jezerima.

Prezentacija

Utjecaj HPC-a na pretkliničko otkrivanje lijekova

Napredak u posljednja dva desetljeća omogućio je nove strategije dizajna u pretkliničkom otkrivanju lijekova. Računalno potpomognuto otkrivanje lijekova (Computer-aided drug discovery, CADD) u kombinaciji s računalstvom visokih performansi (HPC) podržava sve faze pretkliničkog otkrivanja lijekova. HPC također štedi važno vrijeme i smanjuje troškove razvoja lijekova. Uz to, HPC omogućuje rukovanje novim modalitetima lijekova koji su prije bili vrlo složeni za rad. Značajni primjeri su makrociklički lijekovi, PROTAC-ovi (proteolysis-targeting chimera) i peptidni lijekovi. Predstavit ćemo niz općih strategija za predkliničko otkrivanje lijekova koji imaju koristi od HPC-a i objasniti kako Selvita koristi HPC u svom svakodnevnom radu.

Luka Bilić, mag. kem., studirao je kemiju na Kemijskom odsjeku Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, Hrvatska, i nakon pet godina rada na Institutu Ruđer Bošković završava doktorsku disertaciju iz područja računalne kemije na Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg. Trenutno radi kao fizikalni kemičar u grupi odjela za računalno potpomognuto otkrivanje lijekova u pretkliničkoj istraživačkoj tvrtci za otkrivanje lijekova Selvita d.o.o. Ondje podržava sve aspekte modeliranja računalnog pretkliničkog otkrivanja lijekova.

Prezentacija

Luka Bilić
Selvita d.o.o.

dr. sc. Kristian Horvath
Državni hidrometeorološki zavod 

Suvremena prognoza vremena i HPC

Suvremena prognoza vremena odnosno upozorenja na opasne vremenske prilike kao i procjene budućih klimatskih promjena nisu moguće bez intenzivnog korištenja najnaprednijih HPC sustava. Kroz izlaganje će se prikazati iskustva DHMZ-a u korištenju superračunala zadnjih 30-ak godina koja uključuju i nacionalne i međunarodne HPC sustave. Opisati će se i sudjelovanje DHMZ-a na programu Destination Earth, koji razvija digitalne blizance Zemlje za prilagodbu klimatskim promjenama i za prognozu ekstremnog vremena, koristeći među ostalim i EuroHPC infrastrukturu.

Dr. sc. Kristian Horvath stručnjak je za numeričko modeliranje atmosfere. Već 20-ak godina bavi se problemima prognoze vremena i modeliranjem klime vjetra primjenom numeričkih modela na naprednim računalnim infrastrukturama u Hrvatskoj, EU i SAD-u. Radi u DHMZ-u gdje zadnjih nekoliko godina vodi Sektor za meteorološka istraživanja i razvoj.

Prezentacija

Predstavnici EuroHPC Zajedničkog poduzeća i Koordinatora projekta EuroCC 2

EuroHPC JU: Leading the Way in European Supercomputing

Klara Meštrović will introduce the EuroHPC JU, an EU organization which joins together the resources of the European Union, 33 European countries and 3 private partners to develop a World Class Supercomputing Ecosystem in Europe. She will then present the JU’s missions, including the procurement of world-class supercomputers across Europe and the implementation of an ambitious research and innovation programme supporting the technological and digital autonomy of Europe, and share the JU’s accomplishments since its inception in 2018, shedding light on its progress across these missions.

Klara Meštrović works as a Programme Manager for Peer-Review at the European High Performance Computing Joint Undertaking (EuroHPC JU) since December 2022. This role entails the management of the peer-review procedures connected to the EuroHPC Access Calls. Klara has obtained her master’s degree in Engineering, Logistics and Management in Maritime Industry in 2014 in Rijeka, Croatia and has since worked in different domains including High Performance Computing, public services, scientific publishing and military.

Klara Meštrović
European High Performance Computing Joint Undertaking

Natalie Lewandowski, Ph.D.
High Performance Computing Center, Stuttgart
EuroCC2 Project Management Team

Expanding the Network of Competences & Services in HPC+ in Europe - EuroCC 2

After the successful launch of 32 National Competence Centres (NCCs) in HPC, HPDA and AI in 2020 within the EuroCC project, our mission in EuroCC 2 is to expand and strengthen the network between the now 33 NCCs and also within each nation. Our goal is to offer users from industry, academia and public administration the best possible services around HPC+ within each country, and also jointly all over Europe. We will continue to provide easily accessible information on available competences, targeted consultation, training activities, and the necessary support to become an active HPC, HPDA and AI user.

Natalie Lewandowski, Ph.D., leads the Business & Project Management at HLRS, is an HLRS Board member, and Head of the Project Controlling & Management Office, coordinating both national and large-scale European projects in the area of high-performance computing. After spending some time as head of the Research Funding Department at a private foundation supporting scientific projects in all STEM areas, she joined the HLRS in 2019 where she is now responsible for scientific project management and the business and finance administration of the HLRS, including the currently biggest projects at the HLRS - namely EuroCC 2 and CASTIEL 2 – as well as the Center of Excellence EXCELLERAT P2 and the Fortissimo for EuroHPC project (FF4EuroHPC), which supports SMEs with business experiments around HPC.